在论文查重过程中，通常会排除致谢部分的查重，因为致谢内容属于作者对他人的感谢，不属于学术原创内容。然而，一些查重系统可能会误将致谢部分当作抄袭，因此写作时仍需注意文辞表达。此外，查重系统的局限性也在于无法完全识别语义上的原创性，容易受限于重复率而忽略内容质量。

论文查重系统的局限性主要体现在对致谢部分的处理上。一些系统可能会将致谢部分误判为抄袭，给作者带来不必要的麻烦。因此，在写作论文致谢时，建议表达真诚感谢的同时，避免使用他人过于相似的表达方式，以免被查重系统误判。同时，查重系统虽然能够辅助检测文本重复率，但仍需人工审查来确保文本质量和原创性。